엘렌 리플리는 노스트로모호의 마지막 항해에서 준위로 근무했다. 미지의 외계 생명체가 승무원 중 한 명에게 달려 들었을 때, 그녀는 검역 프로토콜을 따르려고 시도했지만, 배에 배치된 AI의 MU/TH/UR이 다른 계획을 세웠기 때문에 그녀의 노력은 허사로 돌아갔다.

격리 프로토콜도 없이, 재난이 닥쳤다. 에이리언은 우주선의 선임 참모를 숙주로 삼아 그의 가슴을 뚫고 튀어나와 노스트로모의 뱃속으로 빠져나갔다. 외계 생명체는 성장을 계속하며, 리플리만이 남을 때까지 나머지 승무원들을 하나하나 제거했고 공포의 지배가 계속되었다.

혼자 남아 모든 희망을 잃은 리플리였지만, 그녀는 승무원의 고양이 존스를 구하고, 노스트로모에 자폭 장치를 설치하는 데 성공했다. 하지만 에이리언이 자신보다 한발 앞서 있다는 것을 깨닫지 못했다.

탈출용 우주왕복선은 광활한 우주를 지났고, 노스트로모라는 작은 빛의 반점이 팽창하는 오렌지색 불덩어리로 폭발했다. 우주왕복선이 요동치며 덜컹거렸고 노스트로모 호가 '무'로 사라진 후, 침묵이 흘렀다.

리플리는 국경으로 돌아가는 긴 여행을 준비하기 시작했는데, 갑자기 우주왕복선의 깊은 그림자 속에서 무언가가 움직였다.

바로... 에이리언.

조심스럽게, 리플리는 여압복을 넣어둔 사물함 쪽으로 몸을 기울였다. 그리고 나서, 에이리언이 그녀에게 다가가자, 그녀는 에어로크를 열어 외계 생명체를 차갑고 광활한 우주로 내쫓았다.

왕복선의 안전을 확보한 리플리는 상업 우주선 노스트로모 호에 대한 마지막 보고서를 기록하고 그녀의 초동면실로 들어갔다. 검은 잠안개가 슬며시 그녀를 휘감아 무겁고 피곤하게 만들었다. 그녀는 악몽에 눈을 감았지만... 눈을 떴을 때, 다른 악몽 속에 있었다.