愛倫‧蕾普利參與星艦諾史莫號最後一趟航行，她是艦上的准尉船員。隊友肯恩被不明外星生物纏住臉部後，她遵守檢疫規定不讓隊友登艦。但星艦的人工智慧系統MU/TH/UR卻另有其他盤算，於是便透過科學官艾許放人進來。

由於沒有落實檢疫隔離，最終導致嚴重後果。異形先是寄生在執行主管肯恩身上，然後鑽破肯恩的胸膛爬出，逃進諾史莫號的深處。異形的體型持續成長，不但成為艦上揮之不去的恐怖陰影，更將隊員逐一殺害，最後只剩下蕾普利一人。

蕾普利陷入孤立絕望的困境，她帶著隊貓瓊斯，啟動諾史莫號自毀程序後準備逃生，想不到異形卻搶先採取行動。

逃生艙脫離星艦飛遠後，諾史莫號只剩下太空中的一個光點，然後爆炸化為一大團橘色火球。諾史莫號徹底煙消雲散，逃生艙顛簸飛行著，艙內陷入一片死寂。

蕾普利解開安全帶，準備進入漫長的返航，此時艙內的暗處突然有個東西在祟動……

是異形。

蕾普利小心翼翼，慢慢走向存放太空衣的儲物櫃。當異形向她逼近，她立刻開啟氣閘艙艙門，把異形吸進冰冷的外太空。

危機解除後，蕾普利完成商業星艦諾史莫號的最後日誌的錄音後，進入休眠艙準備返航。此時突然冒出一陣黑霧，纏繞包圍她的全身，使她感到全身沉重又疲憊。她閉上眼睛做了個惡夢……張開眼睛時發現，她已身陷另一個惡夢。