エレン・リプリーはノストロモ号の最後の航行において、二等航海士として搭乗していた。未知の地球外生命体が乗員の1人に寄生した際、リプリーは検疫規定に従おうとしたが、彼女の主張が通ることはなかった。実は、船を制御するAIの「マザー」には別の優先事項があったのだ。

防疫を怠ったことにより、悲劇が訪れる。宇宙船の副長に寄生したエイリアンは、彼の胸部を食い破って飛び出し、ノストロモ号のどこかに姿を消した。エイリアンが大きく成長するにつれ、船内は恐怖に包まれていった。乗組員は一人ずつ殺され、最後にリプリーだけが残された。

たった1人残されたリプリーは絶望の淵に立たされながらも、猫のジョーンズを連れ、ノストロモ号の自爆装置を起動した。その時彼女は、エイリアンが一枚上手であることに気づいていなかった。

彼女の乗る脱出艇が宇宙を漂う中、ノストロモ号が爆発してオレンジ色の火の玉が生まれ、辺りを埋め尽くすように拡大した。その振動で脱出艇はガタガタと震えたが、やがてノストロモ号が虚無に消え去ると脱出艇も沈黙に包まれた。

リプリーはベルトを外し、フロンティアに戻る長旅に向けて準備を始めた。しかし突然、船内の影で何かが動いた。エイリアンだ。

リプリーはこっそりとロッカーへとたどり着き、宇宙服を装着する。そしてエイリアンが襲いかかったその瞬間、彼女はエアロックを開け、エイリアンを冷たい宇宙空間へと放り出すことに成功した。脱出艇の安全を確保すると、リプリーは宇宙貨物船ノストロモ号の最終報告を録音し、冷凍睡眠カプセルに入った。すると、眠気を誘うような薄暗い霧が彼女の体に巻き付くように這い回り始めた。押し付けられるような疲労感が彼女にのしかかる。悪夢は終わり、彼女は目を閉じる…また悪夢の中で目を覚ますとは知らずに。